Gamtosauginių mokyklų programai sėkmingai koordinuoti ir įgyvendinti Lietuvoje yra reikalingos lėšos. Visų pirma, lėšos reikalingos metinio narystės mokesčio sumokėjimui Aplinkosauginio švietimo fondui (FEE), žaliosioms vėliavoms įsigyti; seminarams, konferencijoms organizuoti, privalomai koordinatoriaus komandiruotei į kasmetinius tarptautinius FEE susirinkimus, taip pat biuro išlaidoms, koordinatoriaus atlyginimui, komandiruotėms į mokyklas ir informacinės bei metodinės medžiagos apie Gamtosauginių mokyklų programą leidybai.

            Lėšos Gamtosauginių mokyklų programos išlaikymui ir koordinavimui gaunamos iš savivaldybių, mokyklų dalyvių mokesčio, rėmėjų ir įvairių projektų.