Gamtosauginis komitetas

            Atsakingas už Gamtosauginės mokyklos programos įgyvendinimą mokykloje. Atsakingas už tai, kad mokykloje priimant gamtosauginius sprendimus būtų įtraukiami mokiniai, taip pat visa ar bent didžioji dalis mokyklos bendruomenės. Gamtosauginis komitetas rodo pavyzdį ir skatina kitų iniciatyvą bei informuoja apie Gamtosauginės mokyklos veiklą spaudos atstovus, partnerius.

Nacionalinis koordinatorius

Nacionalinis tarptautinės gamtosauginių mokyklų programos koordinatorius yra atsakingas už programos įgyvendinimą šalyje. Jis atstovauja nacionalinės programos interesus metiniame koordinatorių susirinkime, rengia ataskaitas apie programos vykdymą šalyje tarptautiniam Gamtosauginių mokyklų koordinacijos centrui. Nacionalinis Gamtosauginių mokyklų programos koordinatorius konsultuoja vietinių institucijų atstovus dėl programos įgyvendinimo, taip pat ir mokyklų atstovus, iškilus klausimams. Rengia seminarus, ruošia reikalingą metodinę medžiagą, padeda mokykloms įsitraukti į programą kuriant tarptautinius ryšius. Nacionalinis koordinatorius palaiko ryšius su tarptautiniu programos koordinatoriumi ir nuolat siunčia reikalingus duomenis.

Nacionalinis programos koordinatorius inicijuoja nacionalinės Gamtosauginių mokyklų programos  tarybos posėdžius, teikia pasiūlymus dėl programos vykdymo pasikeitimų ir strategijos, taip pat dėl apdovanojimų.

Nacionalinis programos koordinatorius teikia Nacionalinei programos tarybai mokyklų, pretenduojančių į Žaliąją Vėliavą, sąrašą.

Nacionalinė GMP taryba

           Nacionalinė GMP taryba sprendžia svarbiausius GMP klausimus, įvertina norinčias gauti Žaliąją Vėliavą mokyklas, skiria Žaliosios vėliavos apdovanojimą.

Tarptautinis GMP centras

          Atsakingas už programos įgyvendinimą pasaulyje. Užmezga ir palaiko ryšius su kitomis tarptautinėmis organizacijomis. Teikia konsultacijas programos įgyvendinimo klausimais. Leidžia tarptautinį Gamtosauginių mokyklų programos naujienų biuletenį. Skiria Žaliosios vėliavos apdovanojimus.